La UAE Agencia ITRC, como entidad sin personería jurídica, adscrita al Ministerio de Hacienda y Crédito Público, está sometida a la vigilancia y control fiscal de la Contraloría General de la República y control disciplinario de la Procuraduría General de la Nación; igualmente, rinde informes para seguimiento y control a la Contaduría General de la Nación y al Departamento Administrativo de la Función Pública. Así mismo, la Comisión Nacional del Servicio Civil es responsable de la administración y vigilancia de las carreras de los servidores públicos, excepción hecha de las que tengan carácter especial.
A nivel interno cuenta con la Oficina Asesora de Control Interno y con un procedimiento para atender los asuntos disciplinarios relacionados con los funcionarios de la Agencia.
La supervisión de la gestión de la Entidad está a cargo del Ministerio de Hacienda y Crédito Público, por dependencia jerárquica, así como el control del sistema presupuestal.